Madrasah Ibtidaiyah Muhammadiyah 3 Ngunut resmi berdiri pada tanggal 15 April 1959. Sekolah ini didirikan oleh organisasi Muhammadiyah Cabang Ngunut yang dipelopori oleh Bapak KH. Manani dan Bapak Drs. Mahmud Sujuthi. Mula-mula gedung sekolah terletak di halaman sekolah ini yang terdiri dari 2 lokal kelas dan satu musholla. Setelah mendapatkan wakaf tanah, madarasah diperluas sehingga menjadi lebih ke depan dengan posisi mengahadap ke utara dan timur dengan biaya swadaya organisasi. Pada waktu itu madrasah masuk sore dengan hanya tiga kelas. Mulai tahun 1960, madrasah masuk pagi dengan nama Madrasah Wajib Belajar (MWB). Sejak saat itu organisasi Muhammadiyah mulai merintis program wajib belajar. Berikut ini kepala MWB pada saat itu yaitu:
- Bpk. Drs. Mahmud Sujuthi
- Drs. Daroban Ridho
- Muh. Thobib, BA
- Bpk. Muklas